1 - Introducción
Pooled or group testing is a testing strategy where samples from a number of individuals are aggregated into a single sample (or pool), which is then tested for the disease or agent of interest. Pooled testing strategies have been proposed for identification of infected individuals (classification), for demonstration of herd or area infection status and for estimation of prevalence of infection.
The utilities provided on this web-site are designed to assist with the estimation of prevalence from the testing pof pooled samples. When used for this purpose, individual samples are aggregated into pools for testing. Individual-level prevalence is then estimated based on the number of individuals represented in each pool and the test result for that pool. Estimation methods are provided for both fixed and variable pool size and to adjust estimates for imperfect sensitivity and specificity of the test used.
Las pruebas agrupadas tienen algunas ventajas significativas sobre las pruebas individuales. En particular, las pruebas agrupadas proporcionan:
- significant cost savings, particularly where the cost of collecting additional samples is small relative to the cost of the test or if prevalence is low;
- increased precision of estimates compared to individual testing where the same number of tests is undertaken, particularly if prevalence is less than about 30%;
- mayor precisión de las estimaciones en comparación con las pruebas individuales donde la sensibilidad y / o especificidad de la prueba son menores que 1; y
- sesgo reducido en las estimaciones cuando los valores asumidos para sensibilidad y especificidad no son iguales a los valores verdaderos.
Las estrategias de prueba agrupadas también tienen una serie de desventajas, que incluyen:
- requisitos logísticos y costo para el agrupamiento de muestras, ya sea en el laboratorio o en el campo;
- el requisito de algunas estrategias para volver a analizar muestras de grupos positivos, ya sea como grupos más pequeños o individualmente, aumentando los requisitos de volúmenes de muestra, almacenamiento y manejo;
- el posible efecto de la dilución en el rendimiento de la prueba, particularmente la sensibilidad de la prueba, no puede ser ignorado, y cualquier sensibilidad adecuada debe incluir la consideración de cualquier efecto de la dilución en la sensibilidad de la prueba;
- las estimaciones pueden estar sesgadas en un grado variable, dependiendo de la prevalencia, el número de grupos y el tamaño de los grupos; y
- Los métodos dependen de una serie de suposiciones importantes y pueden dar como resultado estimaciones sesgadas si se violan las suposiciones. Estas suposiciones incluyen que:
- se supone que el resultado sigue una distribución binomial: la agrupación o la sobredispersión del resultado positivo puede dar lugar a un sesgo sustancial en la estimación resultante;
- el tamaño de la muestra es pequeño en comparación con la población;
- el estado de salud de cada individuo es independiente del estado de los demás, tanto dentro como entre grupos;
- la sensibilidad y especificidad de la prueba son 100% (para algunos métodos);
- se asume que las muestras se mezclan homogéneamente en los grupos y cualquier submuestra que se tome para el análisis es igualmente representativa de todas las personas que contribuyen a cada grupo; y
- todas las agrupaciones representan el mismo número de individuos (excepto por el método de tamaño de agrupación variable).
Additional utilities are also provided for the estimation of true prevalence based on testing of individual samples (unpooled) using either one or two tests of inperfect and uncertain sensitivity and specificity. These utilities use Bayesian methods to account for uncertainty about the true values of sensitivity and specificity for the test(s) used.
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