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7 - Prevalencia verdadera estimada usando dos pruebas (no agrupadas) con una muestra de Gibbs

This method uses a Bayesian approach and Gibbs sampling to estimate the true animal-level prevalence of infection based on testing of individual (not pooled) samples using two independent tests with imperfect sensitivity and/or specificity. The analysis requires prior estimates of true prevalence and test sensitivity and test specificity for both tests, as Beta probability distributions. It outputs posterior distributions for prevalence, sensitivity and specificity of both tests and several other parameters of interest. This method is similar to the one-test method, except that it allows incorporation of data from two tests used concurrently, and finds the best estimate that fits the combination of the prior information and the observed data. It also allows for uncertainty about the true values for sensitivity and specificity when calculating probability limits for the true prevalence estimate and the incorporation of prior information on the likely true prevalence based on pre-existing estimates or expert opinion. Because of the use of two tests, this method will often produce narrower probability limits about the prevalence estimate than the one-test method, particularly where there is considerable uncertainty about prior estimates.

For this analysis, the original values for stool sampling and serology for Strongyloides infection in Cambodian refugees from Joseph et al. (1996) were used, as listed in the table below, and 95% probability limits were calculated about the estimated prevalence.

Entrada Valor
a (T1+/T2+) 38
b (T1+/T2-) 87
c (T1-/T2+) 2
d (T1-/T2-) 35
P alfa 1
P beta 1
Se 1 alpha 21.96
Se 1 beta 5.49
Sp 1 alpha 4.1
Sp 1 beta 1.76
Se 2 alpha 4.44
Se 2 beta 13.31
Sp 2 alpha 71.25
Sp 2 beta 3.75
Y1 start 35
Y2 start 30
Y3 start 2
Y4 start 10
Iteraciones 25000
Descartar 5000

Las distribuciones Beta anteriores definidas anteriormente son equivalentes a:

Distribución Valor alfa Valor Beta 2.5% percentil Mediana 97.5% percentil Significa Modo Desviación estándar
Predominio 1 1 0.025 0.5 0.975 0.5 0.2887
Sensibilidad (serología) 21.96 5.49 0.6346 0.8073 0.9242 0.8 0.8236 0.075
Especificidad (serología) 4.1 1.76 0.3123 0.7235 0.9621 0.6997 0.8031 0.175
Sensibilidad (taburete) 4.44 13.31 0.0843 0.2406 0.469 0.2501 0.2184 0.1
Especificidad (taburete) 71.25 3.75 0.8909 0.954 0.9868 0.95 0.9623 0.025

La simulación se ejecutó para 25,000 iteraciones, con 5,000 iteraciones descartadas para permitir la convergencia. Probabilidad posterior Distribuciones de prevalencia, sensibilidad, especificidad y otros parámetros. del análisis se resumen a continuación.

Predominio Test 1 Se Prueba 1 Sp Prueba 1 PPV Prueba 1 NPV Test 2 Se Prueba 2 Sp Prueba 2 PPV Test 2 NPV Y1 Y2 Y3 Y4
Mínimo 0.275 0.689 0.129 0.402 0.021 0.135 0.823 0.565 0.292 26 16 0 0
0.025 0.528 0.791 0.376 0.679 0.277 0.222 0.906 0.775 0.389 34 45 0 2
Mediana 0.772 0.889 0.695 0.918 0.639 0.305 0.96 0.907 0.519 38 77 2 10
0.975 0.921 0.954 0.955 0.992 0.858 0.425 0.989 0.973 0.705 38 87 2 25
Máximo 0.998 0.984 0.999 1 0.959 0.615 0.998 0.997 0.895 38 87 2 35
Significa 0.761 0.885 0.688 0.9 0.624 0.308 0.958 0.9 0.525 37 74 2 10
SD 0.099 0.042 0.16 0.084 0.15 0.051 0.021 0.051 0.079 1 11 1 6
Iteraciones 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000 20000

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Contents
1 Tamaño de grupo fijo y pruebas perfectas
2 Tamaño de grupo fijo y pruebas con sensibilidad y especificidad conocidas
3 Tamaño de grupo fijo y pruebas con sensibilidad y especificidad inciertas
4 Tamaño de grupo variable y prueba perfecta
5 Prevalencia agrupada utilizando una muestra de Gibbs
6 Prevalencia verdadera estimada usando una prueba (no agrupada) con una muestra de Gibbs
7 Prevalencia verdadera estimada usando dos pruebas (no agrupadas) con una muestra de Gibbs
8 Cálculo de tamaño de muestra para tamaño de grupo fijo y pruebas perfectas
9 Cálculo del tamaño de la muestra para el tamaño de la agrupación fija y pruebas con sensibilidad y especificidad conocidas
10 Cálculo del tamaño de la muestra para el tamaño de la agrupación fija y pruebas con sensibilidad y especificidad inciertas
11 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y la prueba perfecta asumida
12 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y probar con sensibilidad y especificidad conocidas
13 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y probar con sensibilidad y especificidad inciertas
14 Simular el muestreo para el tamaño de agrupación variable y la prueba perfecta asumida
15 Demostración de libertad utilizando pruebas agrupadas con pruebas de sensibilidad conocida y tamaño de agrupación fija
16 Estimación de los parámetros alfa y beta para distribuciones Beta anteriores
17 Estimación de las distribuciones de probabilidad Beta para parámetros alfa y beta especificados