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3 - Poolgröße und Tests mit unsicherer Sensitivität und Spezifität korrigiert

This method (Method 5) is for fixed pool sizes and tests with uncertain sensitivity and specificity and produces asymptotic confidence intervals about the estimated prevalence. This method assumes that the true values of both sensitivity and specificity are not known exactly and have been estimated in a limited number of samples. The analysis allows for the additional uncertainty in the prevalence estimate associated with uncertainty about test performance, based on the sample sizes used to estimate sensitivity and specificity values. This method should be used if you are uncertain about the true values of sensitivity and specificity. If the true prevalence is likely to be close to zero, the lower confidence limit could be negative.

For this analysis, it was assumed that samples from 300 individual fruit bats were aggregated into 60 pools of 5 samples each, that 29 pools produced a positive test result and that the test sensitivity was 90% and specificity was 100%. An assumed sensitivity of less than 100% was used to demonstrate the possible effect of dilution on sensitivity of the pooled test. To allow for uncertainty about the true values of test sensitivity and specificity, it was assumed that sample sizes of 50 and 10,000, respectively, were used to estimate these values. Input values and results for this analysis are summarised in the table below.

    Methode 5
Eingabewerte:    
Anzahl getesteter Pools   60
Anzahl der Pools positiv   29
Poolgröße   5
Empfindlichkeit   0.9
Spezifität   1.0
Stichprobengröße für Sensitivitätsschätzung   50
Stichprobengröße für Spezifitätsschätzung   10000
Lower CL   0.025
Upper CL   0.975
Ergebnisse:    
Geschätzte Prävalenz   0.1427
2.5 Perzentil   0.0876
97.5 Perzentil   0.1979
Standardfehler   0.0282

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Contents
1 Feste Poolgröße und perfekte Tests
2 Feste Poolgröße und Tests mit bekannter Sensitivität und Spezifität
3 Poolgröße und Tests mit unsicherer Sensitivität und Spezifität korrigiert
4 Variable Poolgröße und perfekter Test
5 Gepoolte Prävalenz mit einem Gibbs-Sampler
6 Geschätzte wahre Prävalenz unter Verwendung eines Tests (nicht gepoolt) mit einem Gibbs-Sampler
7 Geschätzte wahre Prävalenz unter Verwendung von zwei Tests (nicht gepoolt) mit einem Gibbs-Sampler
8 Stichprobenberechnung für feste Poolgröße und perfekte Tests
9 Stichprobengrößenberechnung für feste Poolgrößen und Tests mit bekannter Sensitivität und Spezifität
10 Stichprobengrößenberechnung für feste Poolgrößen und Tests mit unsicherer Sensitivität und Spezifität
11 Simulieren Sie die Probenahme für eine feste Poolgröße und setzen Sie einen perfekten Test voraus
12 Simulation der Probenahme für eine feste Poolgröße und Test mit bekannter Sensitivität und Spezifität
13 Simulieren Sie die Probenahme für eine feste Poolgröße und testen Sie mit unsicherer Empfindlichkeit und Spezifität
14 Simulieren Sie die Stichprobe für eine variable Poolgröße und setzen Sie einen perfekten Test voraus
15 Nachweis der Freiheit durch gepoolte Tests mit Tests bekannter Empfindlichkeit und fester Poolgröße
16 Schätzung der Alpha- und Beta-Parameter für frühere Beta-Distributionen
17 Schätzung der Beta-Wahrscheinlichkeitsverteilungen für bestimmte Alpha- und Beta-Parameter