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3 - Tamaño de grupo fijo y pruebas con sensibilidad y especificidad inciertas

This method (Method 5) is for fixed pool sizes and tests with uncertain sensitivity and specificity and produces asymptotic confidence intervals about the estimated prevalence. This method assumes that the true values of both sensitivity and specificity are not known exactly and have been estimated in a limited number of samples. The analysis allows for the additional uncertainty in the prevalence estimate associated with uncertainty about test performance, based on the sample sizes used to estimate sensitivity and specificity values. This method should be used if you are uncertain about the true values of sensitivity and specificity. If the true prevalence is likely to be close to zero, the lower confidence limit could be negative.

For this analysis, it was assumed that samples from 300 individual fruit bats were aggregated into 60 pools of 5 samples each, that 29 pools produced a positive test result and that the test sensitivity was 90% and specificity was 100%. An assumed sensitivity of less than 100% was used to demonstrate the possible effect of dilution on sensitivity of the pooled test. To allow for uncertainty about the true values of test sensitivity and specificity, it was assumed that sample sizes of 50 and 10,000, respectively, were used to estimate these values. Input values and results for this analysis are summarised in the table below.

    Método 5
Valores de entrada:    
Número de piscinas probadas   60
Número de agrupaciones positivas   29
Tamaño de la piscina   5
Sensibilidad   0.9
Especificidad   1.0
Tamaño de muestra para estimación de sensibilidad   50
Tamaño de muestra para estimación de especificidad   10000
CL inferior   0.025
CL superior   0.975
Resultados:    
Prevalencia estimada   0.1427
2.5 percentil   0.0876
97.5 percentil   0.1979
Error estándar   0.0282

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Contents
1 Tamaño de grupo fijo y pruebas perfectas
2 Tamaño de grupo fijo y pruebas con sensibilidad y especificidad conocidas
3 Tamaño de grupo fijo y pruebas con sensibilidad y especificidad inciertas
4 Tamaño de grupo variable y prueba perfecta
5 Prevalencia agrupada utilizando una muestra de Gibbs
6 Prevalencia verdadera estimada usando una prueba (no agrupada) con una muestra de Gibbs
7 Prevalencia verdadera estimada usando dos pruebas (no agrupadas) con una muestra de Gibbs
8 Cálculo de tamaño de muestra para tamaño de grupo fijo y pruebas perfectas
9 Cálculo del tamaño de la muestra para el tamaño de la agrupación fija y pruebas con sensibilidad y especificidad conocidas
10 Cálculo del tamaño de la muestra para el tamaño de la agrupación fija y pruebas con sensibilidad y especificidad inciertas
11 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y la prueba perfecta asumida
12 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y probar con sensibilidad y especificidad conocidas
13 Simular el muestreo para el tamaño de grupo fijo y probar con sensibilidad y especificidad inciertas
14 Simular el muestreo para el tamaño de agrupación variable y la prueba perfecta asumida
15 Demostración de libertad utilizando pruebas agrupadas con pruebas de sensibilidad conocida y tamaño de agrupación fija
16 Estimación de los parámetros alfa y beta para distribuciones Beta anteriores
17 Estimación de las distribuciones de probabilidad Beta para parámetros alfa y beta especificados