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Surveillance basée sur le risque

Surveillance complexe avec échantillonnage en deux étapes basé sur le risque - calcul de la sensibilité de la surveillance sur la base de données de tests de troupeaux

Facteur de risque au niveau du troupeau

Facteur de risque au niveau de l'animal

Test de diagnostic


Coller les données de test de troupeau dans l'espace ci-dessous. Inclure seulement une ligne par troupeau échantillonné. Les colonnes de données peuvent être dans n'importe quel ordre, mais doivent inclure des colonnes pour le nombre d'animaux à haut risque testés (intitulée "HRTested"), le nombre d'animaux à faible risque testés (intitulée "LRTested") et le groupe de risque du troupeau. (intitulée "HerdRisk"). "HerdRisk" doit être codé comme étant à risque élevé = 1 et à faible risque = 0. Les colonnes pour l'identifiant du troupeau et la proportion du troupeau à haut risque (intitulée 'HRProportion') sont facultatives. Une ligne d'en-tête spécifiant les noms de colonne doit également être incluse.

Télécharger un exemple de données


Cette page calcule la sensibilité de la surveillance pour un échantillonnage complexe basé sur le risque en 2 étapes, sur la base des données réelles de tests de troupeau. Par exemple, une enquête dans laquelle les troupeaux à haut risque sont préférentiellement ciblés pour les tests et les animaux à haut risque ciblés préférentiellement au sein des troupeaux sélectionnés. En outre, différentes sensibilités de test peuvent être appliquées aux animaux à haut risque et à faible risque dans chaque troupeau échantillonné (c'est-à-dire que la sensibilité est basée sur le groupe de risque). Si la sensibilité du test varie selon les groupes mais qu'il n'y a pas de différence de risque de maladie, utiliser une valeur de risque relatif de 1. L'analyse est basée sur les résultats d'échantillonnage réels pour chaque troupeau, en supposant que tous les résultats sont négatifs.

L'analyse suppose un échantillonnage en 2 étapes pour tenir compte du clustering de la maladie (par exemple au niveau du troupeau ou du village) et que la spécificité effective du système de surveillance est égale à un (tous les tests positifs sont suivis pour confirmer si ce sont des faux positifs):

Deux facteurs de risque sont pris en compte, l'un au niveau du troupeau et l'autre au niveau de l'animal. Pour chaque facteur de risque, les informations suivantes sont requises:

  • Le risque relatif: il mesure le risque d'infection chez les troupeaux (ou animaux) dans le groupe à risque élevé, par rapport au risque d'infection dans le groupe à risque faible. Pour la surveillance basée sur le risque, cette valeur devrait généralement être supérieure à 1; et
  • La proportion de la population: il s'agit de la proportion de troupeaux (ou d'animaux) dans leurs populations respectives appartenant au groupe à risque élevé. Les valeurs spécifiques à chaque troupeau seront utilisées si elles sont disponibles, sinon la valeur de population entrée ici sera utilisée lorsque les valeurs spécifiques de troupeau ne sont pas disponibles.

De plus, les paramètres suivants sont requis:

  • La prévalence limite au niveau du troupeau et de l'animal: il s'agit de la prévalence présumée de la maladie (proportion de troupeaux infectés et d'animaux infectés, respectivement), si la maladie était présente dans la population. Elle est utilisée comme référence pour évaluer la sensibilité de la surveillance;
  • Pour le test de diagnostic, les performances dépendent du groupe de risque:
    •   . La sensibilité du test pour les animaux du groupe à risque élevé; et
    •   . La sensibilité du test pour les animaux du groupe à faible risque.
  • Probabilité a priori que la population soit indemne: il s'agit de la proabilité que la population était exempte de maladie ou infection (au niveau de la prévalence limite ou plus) avant la surveillance. Elle est utilisée pour estimer la valeur prédictive négative de la surveillance; et
  • Données détaillées sur le nombre d'animaux testés dans chaque troupeau, y compris: le niveau de risque du troupeau, le nombre d'animaux à haut risque testés, le nombre d'animaux à faible risque testés, l'identifiant du troupeau (facultatif) et la proportion d'animaux à haut risque dans ce troupeau (facultatif). Inclure seulement une ligne de données par troupeau échantillonné.

Les résultats incluent:


  • La sensibilité du système de surveillance, ou en d'autres termes, la probabilité que le système de surveillance détecte au moins un animal infecté si la maladie était présente à la prévalence limite spécifiée;
  • La valeur prédictive négative de la surveillance est la probabilité que la maladie ne soit PAS présente à plus de la valeur de la prévalence limite sachant que tous les résultats de la surveillance sont négatifs;
  • Sensibilité du système et valeur prédictive négative de la surveillance en supposant un échantillonnage représentatif;
  • Le ratio de sensibilité - il indique à quel point l'approche basée sur le risque est plus sensible qu'une approche représentative;
  • Probabilités effectives d'infection (PEI) pour les troupeaux à haut et à faible risque (et pour les animaux à haut et à faible risque de chaque troupeau). Des valeurs de PEI proches de 100% suggèrent que, sur la base des valeurs utilisées pour le risque relatif, les proportions de la population et la prévalence limite, près de 100% des troupeaux (ou animaux) du groupe à haut risque devraient être infectés. Si cela n’est pas raisonnable, vérifier les valeurs saisies. Des valeurs supérieures à 100% signifient que le modèle n'est pas valide et que le traitement sera interrompu avec un message d'erreur. Les valeurs d'entrée doivent être modifiées pour garantir que les valeurs de PEI sont appropriées;
  • Nombre de troupeaux à haut risque et à faible risque testés et total;
  • Un résumé des sensibilités troupeau obtenues dans les troupeaux testés pour un échantillonnage basé sur le risque et représentatif; et
  • Sensibilité de troupeau avec un échantillonage représentatif et basé sur le risque et rapport de sensibilité obtenu pour chaque troupeau.